Universitas Pekalongan termasuk 9 Perguruan Tinggi terbaik Se-Indonesia berdasarkan Evaluasi Implementasi Sistem Penjaminan Mutu internal (SPMI) Tahun 2011. Sejak diperkenalkannya Penjaminan Mutu (Quality Assurance) telah berkembang Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) di Perguruan Tinggi.
Pada tahun 2011 ada 82 perguruan tinggi yang mengembalikan instrument evaluasi diri SPMI, dari jumlah tsb ada 40 perguruan tinggi yang lolos untuk menjalani “Site Verification” dan akhirnya terpilih 9 perguruan tinggi yang dinilai telah mengimplemetasikan SPMI dengan baik.