Pendirian perguruan tinggi di Pekalongan adalah sebagai wujud kepedulian para pendiri yang diprakarsai Bapak Ali Said, S.H. Jaksa Agung Republik Indonesia, selaku alumni Sekolah Menengah Pertama Negeri I (SMPN I) Pekalongan sebagai Monumen Hidup, dengan maksud membantu pemerintah dalam bidang pendidikan, sosial dan kesejahteraan masyarakat di wilayah Pekalongan yang diawali dengan pendirian yayasan yang diberi nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air yang disingkat Yayasan Samapta ber-Akta Notaris R. Soerojo Wongsowidjoyo, S.H. tanggal 15 Februari 1980 Nomor 21. Untuk merealisasikan tujuan yayasan, maka didirikan Perguruan Tinggi di Pekalongan dengan nama Sekolah Tinggi Ekonomi (STEKAL).
Pada tanggal 20 Maret 1980 atas dasar keputusan rapat Badan Penasehat dengan Badan Pendiri, maka nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air diubah menjadi Yayasan Samarthya Mahotsaha Paramadharma disingkat Yayasan Samarthya. Sesuai dengan perkembangan, pada tanggal 5 September 1982 STEKAL ditingkatkan menjadi Universitas yang diberi nama Universitas Pekalongan (Unikal). Sebagai universitas pertama di Pekalongan, UNIKAL mempunyai posisi strategis menjadi wahana pengabdian untuk menghasilkan manusia Indonesia yang memiliki daya pikir dan daya nalar keilmuan dan bertaqwa kepada Allah Swt, serta berakhlaq mulia sehingga dapat menjadi warga masyarakat yang berguna bagi kemajuan agama, bangsa, dan Berpedoman pada amanat para pendiri UNIKAL, Bapak Ali Said, S.H. selaku Ketua Badan Penasehat yang pada waktu itu menjabat sebagai Jaksa Agung Republik Indonesia mangatakan bahwa UNIKAL sebagai Monumen Hidup, secara berkesinambungan berupaya serius dan sungguh-sungguh mewujudkan cita-cita sebagaimana tertuang dalam tujuan yayasan dan Undang-Undang Pendidikan Nasional.
UNIKAL saat ini telah memiliki 8 (delapan) Fakultas dengan 12 (dua belas) Program Sarjana, 3 (tiga) Program Diploma III, 3 (tiga) Program Profesi dan 2 (dua) Program Magister. Fakultas tersebut terdiri dari Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Hukum, Perikanan, Pertanian, Ilmu Kesehatan, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Teknik serta Fakultas Farmasi. Adapun Program Studi yang dimiliki meliputi Manajemen (S1), Magister Manajemen, Akuntansi (S1), Ilmu Hukum (S1), Budidaya Perairan (S1), Agroteknologi (S1), Kesehatan Masyarakat (S1), Ilmu Keperawatan (S1), Fisioterapi (D3), Pendidikan Matematika (S1), Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (S1), Pendidikan Bahasa Inggris (S1), Teknologi Batik (D3) dan Teknik Konstruksi (D4), Farmasi (D3), Farmasi (S1), Program Profesi Ners, Profesi Apoteker, Pendidikan Profesi Guru, Magister Manajemen (S2), Magister Hukum Konstruksi (S2).