Pendirian perguruan tinggi di Pekalongan adalah sebagai wujud kepedulian para pendiri yang diprakarsai Bapak Ali Said, S.H. Jaksa Agung Republik Indonesia, selaku alumni Sekolah Menengah Pertama Negeri I (SMPN I) Pekalongan sebagai Monumen Hidup, dengan maksud membantu pemerintah dalam bidang pendidikan, sosial dan kesejahteraan masyarakat di wilayah Pekalongan yaitu diawali pendirian yayasan yang diberi nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air yang disingkat Yayasan Samapta ber-Akta Notaris R. Soerojo Wongsowidjoyo, S.H. tanggal 15 Februari 1980 nomor 21.Dengan susunan pengurus yang terdiri atas Penasehat Bapak Ali Said, S.H. dan Ketua Badan Pendiri Bapak Ismail Rahardjo, S.H. Untuk merealisasikan tujuan yayasan, maka didirikan Perguruan Tinggi di Pekalongan dengan nama Sekolah Tinggi Ekonomi.

Pada tanggal 20 Maret 1980 atas dasar keputusan rapat Badan Penasehat dengan Badan Pendiri, maka nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air diubah menjadi Yayasan Samarthya Mahotsaha Paramadharma disingkat Yayasan Samarthya. Perubahan tersebut dituangkan dalam Akta Notaris R. Soerojo Wongsowidjojo, S.H. tanggal 17 April 1980 nomor 24.

Sesuai dengan perkembangan, pada tanggal 5 September 1982 STEKAL ditingkatkan menjadi Universitas yang diberi nama Universitas Pekalongan (Unikal) dan dituangkan dalam Akta Notaris R. Soerojo Wongsowidjojo, S.H. tanggal 13 September 1982 nomor 16.

Sebagai satu-satunya universitas di Pekalongan dan dengan usianya yang 38 tahun, UNIKAL mempunyai posisi strategis menjadi wahana pengabdian untuk menghasilkan manusia Indonesia yang memiliki daya pikir dan daya nalar keilmuan dan bertaqwa kepada Allah Swt, serta berakhlaq mulia sehingga dapat menjadi warga masyarakat yang berguna bagi kemajuan agama, bangsa, dan Berpedoman pada amanat para pendiri UNIKAL, Bapak Ali Said, S.H. selaku Ketua Badan Penasehat yang pada waktu itu menjabat sebagai Jaksa Agung Republik Indonesia mangatakan bahwa UNIKAL sebagai Monumen Hidup, secara berkesinambungan berupaya serius dan sungguh-sungguh mewujudkan cita-cita sebagaimana tertuang dalam tujuan yayasan dan Undang-Undang Pendidikan Nasional.

UNIKAL saat ini telah memiliki 8 (delapan) Fakultas dengan 15 (lima belas) Program Studi (Prodi) dan 1 (satu) program profesi. Fakultas tersebut terdiri atas Fakultas Ekonomi, Hukum, Perikanan, Pertanian, Ilmu Kesehatan, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Farmasi serta Fakultas Batik. Adapun Program Studi yang dimiliki meliputi Manajemen (S1), Akuntansi (S1), Ilmu Hukum (S1), Budidaya Perairan (S1), Agroteknologi (S1), Kesehatan Masyarakat (S1), Ilmu Keperawatan (S1), Farmasi (D3), Farmasi (S1), Fisioterapi (D3), Pendidikan Matematika (S1), Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (S1), Pendidikan Bahasa Inggris (S1), Teknologi Batik (D3) dan Teknik Konstruksi (D4) dan Program Profesi Ners.