Pendirian perguruan tinggi di Pekalongan adalah sebagai wujud kepedulian para pendiri yang diprakarsai Bapak Ali Said, S.H. Jaksa Agung Republik Indonesia, selaku alumni Sekolah Menengah Pertama Negeri I (SMPN I) Pekalongan sebagai Monumen Hidup, dengan maksud membantu pemerintah dalam bidang pendidikan, sosial dan kesejahteraan masyarakat di wilayah Pekalongan yang diawali dengan pendirian yayasan yang diberi nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air yang disingkat Yayasan Samapta ber-Akta Notaris R. Soerojo Wongsowidjoyo, S.H. tanggal 15 Februari 1980 Nomor 21. Untuk merealisasikan tujuan yayasan, maka didirikan Perguruan Tinggi di Pekalongan dengan nama Sekolah Tinggi Ekonomi (STEKAL).
Pada tanggal 20 Maret 1980 atas dasar keputusan rapat Badan Penasehat dengan Badan Pendiri, maka nama Yayasan Samapta Makarya Pembangunan Tanah Air diubah menjadi Yayasan Samarthya Mahotsaha Paramadharma disingkat Yayasan Samarthya. Sesuai dengan perkembangan, pada tanggal 5 September 1982 STEKAL ditingkatkan menjadi Universitas yang diberi nama Universitas Pekalongan (Unikal). Sebagai universitas pertama di Pekalongan, UNIKAL mempunyai posisi strategis menjadi wahana pengabdian untuk menghasilkan manusia Indonesia yang memiliki daya pikir dan daya nalar keilmuan dan bertaqwa kepada Allah Swt, serta berakhlaq mulia sehingga dapat menjadi warga masyarakat yang berguna bagi kemajuan agama, bangsa, dan Berpedoman pada amanat para pendiri UNIKAL, Bapak Ali Said, S.H. selaku Ketua Badan Penasehat yang pada waktu itu menjabat sebagai Jaksa Agung Republik Indonesia mangatakan bahwa UNIKAL sebagai Monumen Hidup, secara berkesinambungan berupaya serius dan sungguh-sungguh mewujudkan cita-cita sebagaimana tertuang dalam tujuan yayasan dan Undang-Undang Pendidikan Nasional.
Dalam rangka memenuhi regulasi dan kebijakan baru serta penyempurnaan Anggaran Dasar Yayasan yang sesuai dengan Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2004 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 tentang Yayasan, maka Pembina, Pengurus dan Pengawas Yayasan Samarthya merubah Anggaran Dasar Yayasan dengan Akta Notaris Nomor 46 tanggal 10 Oktober 2007 dan telah mendapatkan pengesahan dari Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor : AHU-AH.01.08-347 tanggal 26 Mei 2009. Dalam perkembangannya Yayasan Samarthya telah melakukan beberapa kali Perubahan Pengurus. Perubahan Pengurus ini salah satunya dikarenakan adanya anggota pengurus yang meninggal dunia. Adapun Kepengurusan Yayasan Samarthya saat ini sebagaimana Akta Notaris Nomor 06 tanggal 23 Mei 2022 yang dibuat oleh Notaris Teddy Yunadi, S.H. dan telah disahkan oleh Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia berdasarkan surat Nomor : AHU-AH.01.06-0033608 tanggal 30 Mei 2022 sebagai berikut :
Pembina :
Ketua : Prof. Dr. dr. Irjen Polisi (Purn.) H. Hadiman, S.H., M.Si.
Anggota :
-
- 1. Drs. Irjen Polisi (Purn.) Suprapto, M.M.
- 2. Prof. Dr. Ir. Sarwono Hardjomuljadi, M.H., M.Sc.
Pengurus :
Ketua : Mohamad Rizal, S.E.
Sekretaris I : Suryani, S.H.,M.Hum
Sekretaris II : Esmara Sugeng, S.H., M.Hum.
Bendahara I : Drs. H. Akhmad Sakhowi, M.E.
Bendahara II : Drs. H. Dwi Susilo, M.Si.
Pengawas : Prof. Dr. Siti Nurhayati, M.S.
UNIKAL saat ini telah memiliki 8 (delapan) Fakultas dengan 12 (dua belas) Program Sarjana, 3 (tiga) Program Diploma III, 1 (satu) Program Profesi dan 2 (dua) Program Magister. Fakultas tersebut terdiri dari Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Hukum, Perikanan, Pertanian, Ilmu Kesehatan, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Teknik serta Fakultas Farmasi. Adapun Program Studi yang dimiliki meliputi Manajemen (S1), Magister Manajemen, Akuntansi (S1), Ilmu Hukum (S1), Budidaya Perairan (S1), Agroteknologi (S1), Kesehatan Masyarakat (S1), Ilmu Keperawatan (S1), Fisioterapi (D3), Pendidikan Matematika (S1), Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (S1), Pendidikan Bahasa Inggris (S1), Teknologi Batik (D3) dan Teknik Konstruksi (D4), Farmasi (D3), Farmasi (S1), Program Profesi Ners, Magister Manajemen (S2), Magister Hukum Konstruksi (S2).